这篇文章是介绍HotNet2这个软件的分析结果的，发表在nature genetics上。 其实是个工具类的文章，但是同cufflinks的特点一样，文章主体介绍研究成果，在附录中介绍算法。

文章的方法部分我已经在博客中介绍过了。

但是没有通读过文章的内容，今天有时间通读了一遍。

就是讲发现的罕见通路，以及找了一堆文献来说明这些通路中的突变的确是在癌症发展中起到作用的。 找到了一些mutually exclusive（互斥，在A基因有突变a，在B基因有突变b，这两个事件不会同时发生）的突变。

但是这些罕见突变究竟有多少真正起作用呢？我觉得还需要大量的临床数据来支持。

单词本

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pan-cancer 泛癌 perturb 烦扰
delve 钻研 foothill 山麓
propagation 传播 subtle 细微
putative 假定 sequester 隔离
focal 病灶，焦点 renal 肾脏的
uterine 子宫 corpus 器官
bladder 膀胱 urothelial 泌尿
juvenile 少年 oxidative stress 氧化应激
neuroblastoma 成神经细胞瘤 squamous 鳞状
chromatid 染色单体 inevitably 不可避免，无疑
ascertainment 探查，发现，确认