I am back!

好像是第二次写这个标题了。感觉有一种几年一轮回的感觉,人生起起伏伏,只想在这 天里叫嚣一句:I am Back!


我去年这个时间看的白色巨塔连续剧 2003 版。 一部写于 20 世纪 60 年代的小说,在 21 世纪初翻拍的连续剧里所讲述那些事情,仍然发生在当下,让我感同身受。 这让我想到银英2期OP里的一句话 – 即使物换星移,世事有所变化,人类的所做所为也不会有任何变化。

小说也想在有时间的时候读一遍。推荐学医的同学都看一下这部剧,然后就能理解临床培训时看到的科室内外那些斗来斗去的事情。(_-_)


最近试用了一些国内的云盘,各有各的问题。首先,你不能确定何时自己的数据就会被删除。网上用户有讨论,不管是大厂云盘还是小公司的云盘,都有可能出现数据因为什么规定而被删除。其次,很多个人版都不包括共享编辑数据的功能(这种层层限制,一是为了收费,二是可能同政策有关)。第三,服务就是催着来收费。

起因

我试用了坚果云团队版,就是想测试一下团队协作是否方便,结果刚注册3分钟(真的只有三分钟),该公司就致电,但我没接到电话,售前销售马上通过微信添加好友联系我。这个服务催着收钱的速度,让人难以接受。从 v2ex 上看到,很多用户都抱怨过坚果云的服务问题,即便坚果云与 Dropbox 有多么相似,这种服务态度也会让人对产品敬而远之。有人还说该公司没有客服,都是技术人员在直接回答问题,如果真这样,是不是太浪费技术人员的时间了?

经过

由于对该网盘服务不满意,我决定删除帐号(屏蔽之后的骚扰),结果发现坚果云没有删除帐号的方法。咨询了销售,给了长长的一段文字,按照规定,要发邮件申请删除帐号,然后还要申请人在工作时间内打电话亲自联系该公司核实邮件信息。活久见,还得用户给公司打电话亲自告知自己要删除帐号?我发邮件后,也打了电话,但该销售提供文档里的 400 电话和坚果云网站的 021 座机都打不通。这不就是不让人删除帐号么。。。坚果云网上的客服是机器人,我选择转人工,结果还是机器人,是个摆设?连个“排队等候”都没有显示过(电话也一样,除了语音留言就是占线)。

之后我就非常不高兴了,继续催促了销售人员,问他为什么没人接电话。销售帮我联系其他部门的人,让我再打一次,这次打通了,接电话的人好像也不是专门的客服,这位工作人员连我的注册帐号和联系信息都无权在公司内部看到,也看不到我发去的取消帐号邮件内容,然后就要跟我核对邮件信息?有没有这么搞笑的事情?-_-b坚果云让一个看不到我发送的邮件的员工做客服,跟我一起核对我邮件里的信息,确认我是否可以删除帐号。

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结果

要等待10个工作日,确认是否能彻底删除帐号。

总结

大家该翻墙还得翻墙,用 Dropbox 和 OneDrive 吧。

提醒一下坚果云的用户,在拼不过大厂的情况下,小公司很难续存很久,早转移数据是正经事。

另外,真心建议坚果云的员工们早点找下家。


一般有基因组测序分析需求的小型实验室都会配置自己的科研服务器。那么,对于新手来说,服务器的选购、软件安装、系统安全方面的内容都有很多课题需要自己研究。 本文介绍一下我踩过的坑。

选购要点

在服务器选购上,选择塔式服务器,其中 Dell T640 是目前流行的款式。 其他配置要包含至少 128 Gb 内存、60 Tb 的硬盘空间,以及 16 核心(32 线程)的 CPU。 如果做人类转录组的分析,在比对步骤,有些软件必须要求最低内存配置是 30 Gb, 言外之意,你的服务器内存必须超过 32 Gb。 假如有对持续供电的需求,可以在单独配置一个外接UPS电池,在实验室意外短时间停电期间用来保证服务器正常工作。 但由于UPS电池一般是铅酸蓄电池(不是锂电池),占地面积大,其使用寿命大约为7年,如需配置还应考虑到安全和自身需求问题。

选购好服务器后,请一定将起放置在平稳,不需移动的地方,电源插头也不应经常插拔。

系统和软件配置

由于 Linux 多种分发版本自身迭代有快慢,而一些分析软件包的开发者可能仅在常见分发版本中开发软件,所以建议所有用户只使用 Ubuntu 系统的,方便测试科研软件包。 如果使用 CentOS 系统一定要注意最近他们版本更新方案,尽量装最新版的。我认为 CentOS 不应该作为科研服务器的系统,它软件迭代速度太慢,很多库文件更新不及时,导致无法测试一些别人开发的软件包。

所有可以全局安装的系统软件和依赖库文件,应使用 Ubuntu 的包管理系统 apt-get 来进行安装,强烈不建议自己编译安装系统文件

对于科研相关的软件包,应安装在所有用户都可以获取的地方,并且与系统软件相区分,因此建议安装在根目录下的 /opt 文件夹中。软件包安装规范应至少在软件所在文件夹的命名上体现出版本信息,例如 /opt/samtools-1.12/。 对于一些数据库文件,应专门安排在 /opt/databases 这样的指定文件夹中,在子文件夹命名时要体现出数据的版本信息或者下载时间(年月日)。

只应在全局中安装 R 软件及其依赖的基本包(即通过 apt install r-base 命令安装时,所提供的必须依赖和包)。其余包,应由用户在自己的/home文件夹中进行安装。我曾在一台服务器上看到了全局安装的一些附加包,而这些包用户在使用时也会自己安装,所以在 R 环境中会显示出两个包文件,应尽量避免这种情况给用户造成混乱。

对于Python,一定要安装 conda,然后让用户自己选 Python 版本创建环境,安装相关软件包。我也曾经发现过有些服务器上装了三四个不同版本的 Python,当用户安装需要使用的软件包就非常麻烦,如果没有使用经常搞不清楚自己所用的软件安装到哪个 Python 版本下。

conda create -n env_name python=x.x
conda activate env_name
conda deactivate env_name
conda env remove -n env_name

系统安全

对于系统安全,首先在创建系统用户的时候,一定使用强健的初始密码。我曾经遇到过使用了弱密码创建初始用户,结果有人撞库成功,入侵服务器。 因此,还应加强服务器ssh登录的端口设置,以及安装一些基本的防护软件,例如 fail2ban

可以给用户开 sudo 权限,方便他们自行全局安装一些特定依赖,但不要把 root 密码搞得尽人皆知。

为了防止错删文件,应将 rm 命令替换为 trash-put,为此,要安装软件包 apt install trash-cli

除此之外,经常要“异地”备份重要文件。


我从2008年开始学习使用 Linux 的个人发行版 Fedora 8, 到现在,由于它版本更新得太快,版本号已经逐渐甩开我的年龄了。。。

这帮社区的人在这么玩下去,版本号升到3位数指日可待。 _(:з」∠)_