这个文章是华大做的，华大从12年开始连续发了好几篇关于肿瘤单细胞相关的文章，他们用的测序方法是MDA， 几篇文章都主要围绕测序方法的准确性、寻找肿瘤中的driver（驱动）基因、以及重要突变、单克隆多克隆这几个问题展开讨论。

在这篇文章中，他们主要发现了结肠癌的双克隆起源，以及一个新的致癌基因（就是标题）。 文中发现肿瘤主克隆中在致癌基因APC,TP53基因上有突变，而在另一个克隆上有CDC27和PABPC1的突变。 他们还发现SLC12A5在单细胞中有高突变率(frequency of mutation)而在群体中的普遍程度却比较低，在实验验证后发现这个基因是一个潜在的致癌基因。

从这篇文章中学习一下文章的结构。

第一部分：说明测序方法的可行性（准确性）

• 检测乘数，覆盖度
• 检测假阳性，假阴性
• 检测组织样本和单细胞样本的突变频率相关性

第二部分：肿瘤细胞可分为两个群体

• PCA 分析区分group
• 基于UPGMA的phylogenetic tree分析
• 随机模拟单克隆到5个克隆的情况，发现实际的频率分布同双克隆相似

第三部分：从两个分组中发现了不同的驱动事件

• 引入21个结肠癌病人数据，发现有overlap的驱动基因可以将单细胞分成三组（正常，克隆1，克隆2）。
• 主克隆里有APC，TP53，副克隆里有CDC27和PABPC1。

第四部分：细胞起源异质性分析

• 用21个样本检测是不是多克隆是个普遍的现象。

第五部分：检测癌症驱动基因

• 检测非同义突变、同义突变、错义突变、无义突变在一些重要癌症基因的出现频率。
• 找出enrichment的基因，这些基因是驱动基因。

第六部分：对于新致癌基因的功能验证

• 做了PCR看这个基因是不是在肠癌细胞系中表达水平高。

材料与方法部分有很多信息

1. 找somatic mutation的原则。
2. 如何检测allele dropout。
3. 在研究异质性问题是，所用的SNV要排除那些在CNV异常区域的。

单词本