检测全基因组突变
这个文章是我第一次组会报告的内容，主要讲怎么分析果蝇的突变，以及pipeline设计。
果蝇这个生物的特点是每代突变都很多，如果直接套果蝇的参考基因组去找你特定实验诱发（非定向）的突变，可能会找错了。
所以最好的方法是在家系内部找参考基因组，然后做比对，找突变。
这个文章里用的工具比较老，MAQ这个包应该现在都没什么人用了。看此文章主要是要理解方法的过成，用更新的工具套用流程。
找突变前要先用RepeatMasker将重复区域覆盖掉。
对于作为参考基因组的家系内部样本，首先要拼接好，转成一致序列(consensus sequence)。
整个流程如下：
- 过滤低质量的reads
- mapping
- 生成一致序列
- 除去repeat
- call SNP
