上个月最火的话题莫过于AlphaGO同李世乭的围棋比赛。赛前我还以为“李师师”肯定能取得完胜，结果第一盘就让我彻底傻了眼。 整个比赛证明了在人工智能在下围棋领域已经较为完善，人已经下不过程序了。

那段时间还看了王垠的几篇文章批评google搞的AlphaGO没有什么深刻意义，就像IBM的深蓝，火了一阵就没有了消息。 又如同基本废掉的google glass。他还评论了google自动驾驶其实也需要很多研究，现在的完全不可靠。

看完他的文章可以让人冷静下来;)（道理是对的，虽然论据很扯）。对于人工智能，如果连大脑的结构都没搞清楚，把一些统计学习的方法吹的神乎其神，意义不大。如果真的能像人脑一样学习，我们就离脑后插管不远了～～～ [20160621更新]这个人再写文章标题估计就是《关于离开地球的决定》，谁给他回国送钱谁傻子，为了证明我能客观的评价这个人的文章，补充了这么多次更新内容-_-b。

前几年火的3D打印，现在好像也不那么火的集中报道了。大数据吹了一波又一波，早已经吹到生物领域了，就一般生物信息分析人员的水平，是搞不起来的。 最近狂轰乱炸的新闻都是关于是虚拟现实，微软没次都吃螃蟹（上次是比尔盖茨亲自推荐的平板电脑，当时的新闻在我的脑海中挥之不去，我本以为是未来或者根本不会在我们的生活中推广的东西，结果乔布斯把它推广到了普通人的身边），不知道这次结果会不会好一些，不过我很尊敬这家吃螃蟹的公司。

Elon Musk的SpaceX最近成功在海面回收了一个火箭，火箭发射成本越来越低，亚马逊的Jeff Bezos也在做这个，万一哪天向太空进发殖民或者逃难，这些个公司就赚发了。 殖民火星也不是问题，根据现在的技术来开发配套的火星定居点搭建设备，更高级的太阳能续电池。

Musk形容在开发火星是为了防止人类在地球灭绝，在火星上拷贝一套自给自足的人类社会需要100万人口(出自waitbutwhy的采访专稿)。

啰哩啰嗦的写了这些废话，是要认清哪些是玩具哪些是推动社会前进的工具，认清现实。

20160531更新

Google把它收购的机器人公司给转手了，买给了丰田公司，这是由于机器人公司不赚钱，高层之间的理念又不合，所以分道扬镳。所以是不是可以这样说：Google的机器人项目又废掉了。

今天是杨提督的生日。但是我很悲伤的写下这篇关于移动硬盘的故事。 在大学毕业的时候同学组织集体团购的移动硬盘终于被我玩费了，虽然移动硬派买来的时候就不太好用，应该是移动硬盘盒供电不足并且usb接触不良。 由于没有大问题，我当时也没什么数据放到移动硬盘里，这个移动硬盘也算顺利的帮我度过了研究生生涯。 取年由于实在无法忍受硬盘插入电脑无反应的情况，买了个新的硬盘盒，结果用到今年三月份，也无响应了。 一开始就像电脑设备维修中说的一样，先把硬盘拿出来放到电脑里，可以顺利读出所有内容，所以我没在意，也没有及时备份，所有数据都在移动硬盘里，且没有备份！ 结果换了新的硬盘盒（第三个）之后，完全读不出来了。

于是进入抓狂模式，下载了一系列检测软件想读出内容，并曾经想格式化重新分区，重新写入分区表信息，这些努力都失败。 最后花了几百大洋也没让专业人士拯救回数据，主要原因就是之前自己瞎恢复的时候重复读写硬盘，把硬盘划坏了。

然后我开启了扫描实验室电脑硬盘和所有自己的移动介质的工作，也没找回多少内容。

经过这件事情，得到了深刻的教训，已前的工作数据基本报废，只有最后的总结文档还留了下来。

经验教训如下：

1. 不要参加熟人为中介的团购活动，即便买了东西感觉不好用，也碍于面子懒得退回。买东西就要买家卖家一对一。
2. 不要太看重某些电子数据的价值，例如电子书，程序的中间输出文件，这些内容能删就删。存了那么多电子书，都够看上一二十年的了，完全没必要。
3. 要备份，要备份，要备份……
4. 很多数据可以压缩处理，另外要经常整理数据结果，确定好哪些是必须留下的。
5. 能做网盘同步就同步到云端，推荐google的15G，微软的只有5G，用国内的要小心国家政策影响，完一哪天都没了，都没地方去告。这些只是用于同步资料，图片影音最好还是存在本地，重要的图片要打包上传。
6. 写程序要有后缀，我之前写脚本程序都不加后缀，结果发现在恢复时，很多恢复软件只识别有后缀的那些文件，没有后缀的都放到temp里，我得一个一个打开挑出来。

所用的软件：

• R-studio：可以读取损坏硬盘并制作镜像，较为专业的恢复软件
• EasyRecovery：只能恢复普通删除的文件，不能使用在损坏的硬盘上
• TestDisk：无法对损坏的硬盘做分区操作
• photorec：恢复普通删除文件，不能使用在损坏的硬盘上。

生活小窍门-_-b，终于我也沦落到要写这种内容的时候了。

最近移动硬盘一直不太配合，今天彻底无法链接到电脑，测试了多次，最终定位是移动硬盘盒的问题（SSK的，用了不到一年）。 记录一下相关的操作方法。

电脑无法链接移动硬盘（设备描述符请求失败）

测试：如果在链接电脑时会听见滴滴的声音，说明是供电有问题。 步骤1：在上述条件下，若电脑无法显示链接，请拔掉连线重新链接，并测试设备管理器里的usb驱动是否有问题，停止使用并重新扫描。 步骤2：若还无法解决且移动硬盘是2.5寸的，可以将其换到笔记本电脑上，查看是否可以正常使用。若是3.5寸的，需要连接台式机进行测试。 上述测试若硬盘可以在电脑里正常读取，则说明问题出在移动硬盘盒上。（此时可以将重要的数据拷到U盘里备份） 结论：需要购买新的移动硬盘盒。

还没修好！快要沦落到开盘了！ 20160330

固态硬盘选购

现在的新笔记本都有专门的固态硬盘MSATA接口，不需要旧的像2.5寸盘大小的SATA3固态硬盘了，买MSATA固态硬盘。 占用空间比内存条还小。

系统

赶紧升级到windows10吧，比7和8强了不止一点。

屏幕

如果笔记本屏幕坏了，什么方法能最快的将数据导出？ 一般学校都会有投影仪，将笔记本接到投影仪上，打开投影仪当作屏幕。 之后请找笔记本售后服务商进行换屏（普通笔记本一般屏幕200左右，人工费用也就几十元，经同学杨老板亲测）。

买什么笔记本好？

对于做计算，写代码，绘图为主的用户，有钱请上水果，没钱请上船。

十年河东，十年河西，10年前完全不会考虑的品牌（神舟），现在已经很良心了（但品控不好，靠人品）。

我觉得笔记本没必要买外星人，有那么多钱还不如配个台式机，那么沉的外星人，即便买了也不会天天背着跑。

思前想后，还是开了这个目录，要不有些东西写了就归类不能了。

今天谈一下ChIP-seq流程以及数据control的问题。ChIP是染色质免疫共沉淀，基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

ChIP-seq的流程中一定要有去除deplication的步骤，虽然网上讨论中大家总是谨慎的回答it depends on…blablabla…。

ChIP中一般会用到对照数据，对照数据就是在不特意富集所研究的蛋白结合的DNA片段情况下，有多少DNA片段可以纯化并检验出来。

一般有两种对照，一种是Mock IP（看看在不用抗体的情况下有哪些蛋白会和DNA结合），另一种是直接检测input DNA。在最后¹列出了一个非常好的ChIP教学文档，里面介绍了抓IgG和input DNA究竟是怎么一回事。

首先说input DNA：这是通过整套流程，但没有用抗体去筛选DNA片段时，最后会被纯化下来的DNA片段，即：这些片段不代表同转录因子相结合的区域。 接下来是Mock IP：这是通过类似的ChIP处理，但不抓想研究的蛋白时，纯化出的一些同蛋白相结合的DNA片段。

一般情况下优先选择Input DNA方法，第二种方法有正义（究竟这么抓到的DNA能否做对照？我对此持怀疑态度）。

另外，Treatment和control的处理也需要关注，在call peaks的时候要选择会用Control做校正的方法。 如果是自己处理，查找Treatment的分布信息，也要做校正，否则就像我之间讨论过的某篇文章一样。

参考资料

1.Gene isoform specificity through enhancer-associated antisense transcription

我都不知道为什么我会有这篇文章的纸质版。

该文章讲enhancer-associated antisense transcript(算不算一种eRNA？)对gene异构体的调控作用。

文章没意思，直接删了，把摘要贴一下：

Enhancers and antisense RNAs play key roles in transcriptional regulation through differing mechanisms. Recent studies have demonstrated that enhancers are often associated with non-coding RNAs (ncRNAs), yet the functional role of these enhancer:ncRNA associations is unclear. Using RNA-Sequencing to interrogate the transcriptomes of undifferentiated mouse embryonic stem cells (mESCs) and their derived neural precursor cells (NPs), we identified two novel enhancer-associated antisense transcripts that appear to control isoform-specific expression of their overlapping protein-coding genes. In each case, an enhancer internal to a protein-coding gene drives an antisense RNA in mESCs but not in NPs. Expression of the antisense RNA is correlated with expression of a shorter isoform of the associated sense gene that is not present when the antisense RNA is not expressed. We demonstrate that expression of the antisense transcripts as well as expression of the short sense isoforms correlates with enhancer activity at these two loci. Further, overexpression and knockdown experiments suggest the antisense transcripts regulate expression of their associated sense genes via cis-acting mechanisms. Interestingly, the protein-coding genes involved in these two examples, Zmynd8 and Brd1, share many functional domains, yet their antisense ncRNAs show no homology to each other and are not present in non-murine mammalian lineages, such as the primate lineage. The lack of homology in the antisense ncRNAs indicates they have evolved independently of each other and suggests that this mode of lineage-specific transcriptional regulation may be more widespread in other cell types and organisms. Our findings present a new view of enhancer action wherein enhancers may direct isoform-specific expression of genes through ncRNA intermediates.