看了湾区日报推送的做什么样的 app 能赚钱的。 记录一下里面提到的一些小调研方法。

理想的商机包含以下三个方面：

1. 有利可图
2. 可以通过App Store中搜索找到
3. 具有蹩脚的竞争对手

什么样子的app是“有利可图”的？

计算两款相同类别下载量排名第25位的app的月均收入，并查找其总量排名。

这样可以计算出某个类别的app大致收入趋势。

用户会找到你的app吗？

作者提供了一个很好的思路，查找app的关键词，如果有某个关键词的app非常多，那么新产品通常会比较靠后，很难找到。

有竞争性的app的关键词最好只有100个已内的已知app产品正在使用。

备注：我觉得也不能太少，要真弄个冷门关键词，用户也不会想到去搜索。

竞争对手是不是很优秀呢？

进入某个领域，要知道这个领域里的app都有哪些问题，哪些地方可以改进。

如果你的竞争对手并不是特别努力，但他们仍能赚钱，这说明这个领域是可以进入的。

文中提到的有用的数据网站

• Distimo
• straply

感觉这样写下去，博客就变成论文记录了。为了避免这种情况，以后论文笔记都以归纳总结多篇文章为主，如果是非常好的文章，会单开一篇写一写。

1.Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during genome activation

这是一篇讲述斑马鱼MZT阶段组蛋白和RNA聚合脢II在基因组结合位置的文章。

文中说明RNA聚合脢II同组蛋白（H3K4me3，H3K27me3，H3K36me3）结合到相关的基因组位置是发生在合子基因组激活时期。 很多不活跃的基因到活跃的时，有组蛋白H3K4me3的Mark。序列特异性的转录因子会先指导组蛋白H3K4的甲基化，然后招募RNA聚合脢II。 最后总结三个方面：1.合子基因组激活同组蛋白H3的三甲基化有关，说明组蛋白修饰提供了MZT期的调控信息； 2.在ES cells中也存在bivalent domains;3.有些单价且有H3K4me3修饰的基因没有被激活。

2.Transcriptome Analysis of Zebrafish Embryogenesis Using Microarrays

这篇文章分析了斑马鱼的胚胎时期转录本数据(Microarrays)，包含的时间点有：母本时期，囊胚期，原肠胚期，分裂期，pharyngula （咽喉胚期）。

做了各种层次聚类，每个聚类里有特点的基因都介绍了。该文章的亮点是找到了在pre-MBT时期表达的一些基因（整体表达水平低，所以不好发现），这些基因可能对后面MBT时期转录本调控起到作用。

3.A complex ‘mRNA degradation code’ controls gene expression during animal development

在这篇综述中，作者详细介绍了mRNA降解在生物发育中控制基因表达。 首先说降解会控制基因表达动力学：如果降解太快，那么基因表达水平会很低，会影响转录进程；如果降解太慢，基因表达水平就会很高（机体会想这个细胞是不是不想玩了），细胞就会进入机体删除阶段。 mRNA降解受控于RBPs（RNA结合蛋白），small RNAs，miRNA-RBP，cis-regulatory（顺式作用元件）。 RNA降解在动物发育中的作用有两点：1.控制发育过程；2.细胞特异性。

4.Prepatterning of Developmental Gene Expression by Modified Histones before Zygotic Genome Activation

这篇文章发在Developmental Cell上，很有意思，试验设计合理。

主要是讲斑马鱼发育阶段Zygotic Genome Activation（ZGA）时期的组蛋白信号对于转录的影响。 共检测了H3K4me3, H3K9me3, H3K27me3, H3K36me3, RNA PolII的marker在不同时期基因组上的分布情况。 研究发现H3K4me3富集在1000个pre-MBT时期的基因上，至少9000个MBT和post-MBT时期的基因上。 在这个部分，研究的母系表达的基因，也就是这些基因在pre-MBT期基本不表达，而在MBT期开始表达上调。

研究结果揭示了在不同时期这些组蛋白甲基化富集在基因组上的情况各有特点。尤其是在256个细胞阶段检测到的H3K4me3, H3K9me3和H3K27me3说明在这个时期转录抑制已经存在。

之后又发现H3K4me3 marker在256个细胞时期，存在于一些转录不活跃的基因区域上。 本来想说明这些基因不活跃，还找出了H3K36me3和RNA PolII的marker做对照，结果发现H3K36me3的确没什么信号， 但是RNA PolII存在于基因的启动子区域（不在gene body，也是转录不活跃的表现）。

我个人觉得最有意思的就是下面的这张图。作者们做了一个epigenetic fate map of the pre-MBT H3K4me3-marked gene, 从这个图可以看到不同的基因在不同的阶段又不同的表观遗传学marker。

后续，文章有讲述了Pre-MBT时期H3K4me3 mark对合子转录的积极作用，以及在精子和卵细胞中有这个maker的交集的基因有哪些。

5.Transcript clearance during the maternal-to-zygotic transition

这篇review有意思的地方是在后面的引用文献中作者点评了一些他们感兴趣的文章，这也方便了读者的阅读。

综述的主要内容是讲mRNA在MTZ过程中的降解以及它的机制。RNA结合蛋白，小RNA家族均有参与，后面还说了降解的mRNA有哪些作用。

单词本

标题可能翻译的不太好，这篇综述写的很有意思，值得研究受精卵、转录本、发育相关的人士阅读。 文中借用莎士比亚戏剧的方式，阐述了从母本到合子过渡时期（MZT）转录本的差异变换，这种转变类似于戏剧中的两幕。

maternal-to-zygotic transition (MZT): the period that begins with the elimination of maternal transcripts, continues through the production of zygotic transcripts and ends with the first major morphological requirement for zygotic transcripts in embryonic development.

mid-blastula transition (MBT): is a stage during the blastula stage of embryonic development in which zygotic gene transcription is activated.

MZT和MBT不完全相同，但也不好区分，具体请查阅相关文献，在本文中，我觉得它没解释MBT是什么，只是说我们要用MZT，MZT是个时期，而不是一个时间点。

母本到合子的过渡可以分为两个进程：1.一部分母本mRNA和蛋白质消失；2.合子转录开始。

合子转录出的转录本后续的蛋白质和micorRNA产物会返回来加强母本mRNA降解。初期在合子中合成的的mRNA也是催化剂，会加强合子的转录。

卵子的激活（活化）在不同生物中有不同的驱动因子，例如棘皮动物、线虫、脊椎动物中，受精会使卵子活化。 而在一些孤雌生殖的昆虫中，离子环境、pH值，机械刺激才是驱动卵子活化的因素。

文章中说转录本降解也能分为两个部分：一个是母本的，当母本活动使会导致20%的母本转录本不稳定（开始降解）； 另一个是合子的，合子活动使会进一步导致15%的母本转录本不稳定。所以总共35%的母本转录本会在MZT时期降解掉。

第一幕：母本时期母本基因组降解

在这个时期一些转录本稳定，另一些转录本不稳定，这两类转录本也就很大差别，在果蝇中稳定的子集中富集了同RNA过渡（蛋白结合，代谢，翻译）相关的转录本。 说明了在MZT和之后的时期的生物学过程都需要这样的转录本。 小鼠对于过渡时期降解和稳定的转录本与果蝇类似，小鼠主要降解的是细胞周期相关的，稳定的是蛋白结合，代谢，翻译相关的转录本，但是这些转录本都是在合子时期富集，而不是在前一阶段母本时期富集。 这说明果蝇卵细胞需要快速发育，而哺乳动物的卵细胞发育时间相对较长，有充足的时间让合子产生这些组分。

那么母本转录本的降解究竟是为什么呢？

• 猜测1.为了平衡受精卵中的mRNA总量
• 猜测2.由于早期发育的需要，部分母本mRNA必须降解
• 猜测3.母本mRNA的降解是有指导作用的，而不是散漫的，指导细胞周期的快慢

这几个假说都不是互斥的。

For example, the elimination of maternal cell cycle mRNAs could be both instructive (slowing the cell cycle) and permissive (allowing patterned mitoses after the MZT)

第二幕：合子时期合子基因组激活

文中提到了四个机制，并强调这几个机制并不互斥

1. Nucleocytoplasmic ratio
2. Maternal clock
3. Transcript abortion
4. Chromatin regulation

其中4中说ZGA时期同染色质修饰有关，这个很有意思。

单词本

这篇文章是介绍HotNet2这个软件的分析结果的，发表在nature genetics上。 其实是个工具类的文章，但是同cufflinks的特点一样，文章主体介绍研究成果，在附录中介绍算法。

文章的方法部分我已经在博客中介绍过了。

但是没有通读过文章的内容，今天有时间通读了一遍。

就是讲发现的罕见通路，以及找了一堆文献来说明这些通路中的突变的确是在癌症发展中起到作用的。 找到了一些mutually exclusive（互斥，在A基因有突变a，在B基因有突变b，这两个事件不会同时发生）的突变。

但是这些罕见突变究竟有多少真正起作用呢？我觉得还需要大量的临床数据来支持。

单词本

山中伸弥(Shinya Tamanaka)是我非常尊敬的科学家。 当时在细胞生物学的讨论课上几个人一组做slides讲他的工作。 这是我第一次接触实验生物学的内容。 对于试验一窍不通的我，同微生物所的同学们一起读这篇文章，学到了很多东西。

这个实验过程很繁琐枯燥，感谢Takahashi和Yamanaka做了这么多工作，使得大家不需要再用几十个因子来测试诱导干细胞。

本笔记比较简陋，只记录当时学的一些东西和想法。

1.为什么选择了不少同tumor相关的因子？

因为肿瘤细胞同干细胞的相似性。

相似性：自我维持，无限传代，分化

2.CAG promoter is a combination of the cytomegalovirus early enhancer element and chichen beta-actin promoter

3.当loxP遇到Cre DNA重组酶时，会进行DNA学列的插入，复制，删除，使基因活化或失去功能。

4.iPS-TTF4和iPS-TTFgfp4克隆移植到裸鼠中形成了肿瘤。

5.Nanog可有可无（无用）。

单词本