国科大（UCAS）学位论文LaTeX模板
用了2天时间，边学边改，写了个半成品的国科大学位论文LaTeX模板。我想这个学位论文应该是用中文写的最后一篇论文了。使用LaTeX排版中文，实在是有太多的不方便，所以我决定以后使用LaTeX时一律写英文文档。
更新：就在刚刚2013.01.11 13：10 我解决了1.0beta中的两个问题。在也别用CJKbookmarks了，这就是问题的关键，时代在进步, 这个功能在我的文档中不干正事纯属捣乱。
模板的下载地址：https://github.com/yulijia/LaTeX_UCASthesis
可以用git clone https://github.com/yulijia/LaTeX_UCASthesis.git命令将其clone到本地。
这个模版基于中科院电工所Tao Wang所写的CASThesis LyX模版，经简化改造成，没有用到自制类.cls文件，是一个代码比较”脏“但是直观可见的模板。
版本号：1.1 beta
尚存在的问题
1. 复制出的英文会乱码，写模板时我使用的是CJK包，不知道为何英文文字无法正确的复制下来，估计和编码格式有关。
2. 无法生成中文索引，这个问题太恶心了，我所用的编译环境是Gummi集成的，搜索了所有网上关于中文索引乱码的解决办法，不管是自己编译还是用Gummi直接编译，都无法做到没有乱码，所以该模板不具有索引功能。
###解决了
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复制出的英文会乱码
-
无法生成中文索引
\usepackage[colorlinks=true,linkcolor=black,anchorcolor=black,citecolor=black,unicode]{hyperref}2014年 更新了XeTeX版本，具体请浏览项目页面，我也同UCAS say good-bye 了，我的毕业论文是用word写的，用LaTeX无法达到毕业要求。
linux系统以及服务器操作笔记
这是一个扫盲指导，对于第一次使用linux的用户，希望能有所帮助，尽量少走弯路，少提naive的问题。
1. 目录结构
首先是对linux目录结构的理解，它的结构目录是
没有像C:\ D:\ E:\ 这样的盘符，在Windows系统中我们都把系统文件安装在C:\中，而在linux中系统文件是分别放在不同的目录中的，/bin 中存放编译好的二进制可执行程序，/home 是用户存放数据的目录，/lib 用来存放内核模块和共享链接，具体可以参考这里。
那么为什么linux的目录结构是这个样子？阮一峰对此有个深入的挖掘。
一般用的服务器多为linux系统的，管理员root会给你开通一个帐号ABC，你登录后进入的用户目录就是/home/ABC。
2. 登录服务器
如何登录服务器？ 在windows下一般可以下载登录软件putty或者setupssh.zip（我记不住名字是什么了，下载的安装包是这样的名字）。 putty是有一个登录界面软件，setupssh.zip则是可以直接用CMD窗口直接登录。
使用setupssh.zip登录需要的命令是 ssh ABC@xxx.xxx.xxx.xxx 回车后，键入密码。
登录后进入/home/ABC的目录下面，有些管理员允许你在/home文件夹下自己的文件夹里存储文件，但是有些数据量很大的文件（GB\TB级别）是不能存储在/home文件夹里的。这时管理员会告诉你可以将文件存放在哪个目录下。
3. 安装软件
接下来说说所安装软件，在多用户的服务器上，不是每个用户都有权限将软件安装在/usr /opt之类的文件夹里。那么，你只能将自己需要用的软件安装在自己的/home/ABC文件夹里， 需要编译安装的软件（用C写的），第一步很多时候是./config –prefix=/home/ABC 这个的作用就是指定软件安装的地址，是你自己的目录下。之后程序会自动创建/home/ABC/bin目录来存放二进制文件，自动创建/home/ABC/lib目录来存放共享链接和一些库函数。
在安装后，你会发现很多软件只能在安装的目录下“./软件名”这样执行，这是因为你没有设置环境变量，还不能被相应的应用程序或守护进程访问到安装的软件（这半句的解释不一定正确）。 设置环境变量的方法，请自行google，基本格式是：
1. 修改profile文件：
# vi /etc/profile
在里面加入:
export PATH="$PATH:/home/ABC/build_tools/bin"
2. 修改.bashrc文件：
# vi /root/.bashrc 或者 /home/xxxx/.bashrc
我高估了人类的举一反三能力，如我只写/root/地址他们不管有没有权限，都只往/root/下写，另外写对地址的，一定要重新登录，不愿意重新登录的，在终端键入 source /root/.bashrc 或者 source /home/xxxx/.bashrc ，从这件事情我发现，饭不喂到嘴里，没人会吃，这是通病（估计我有时也一样）。2013年08月04日
在里面加入：
export PATH="$PATH:/home/ABC/build_tools/bin"
可爱的师弟对我在这里点评了他的事情”耿耿于怀”，他竟然在18年翻出了这个文章又看了一次-_-b2018.07.25留
注意：方法1在服务器上是只有管理员级别用户才能做到的。
4. 常用命令
查看目录下的文件和文件夹 ls。
查看目录下的文件和文件夹的具体属性 ll。注意： ll
有两个辅助选项很管，一个是-h
可以显示文件的大小（以human看得懂的方式;)，所以你知道为啥简称是h了吧）；另一个是-a
可以显示隐藏文件，对了，linux系统下的隐藏文件写法是.文件名
，这个辅助选项在ls
后面加也管用。
在文件名前加个点，就看不见了，为啥呢？ 看完原因后，大家是不是都有个姚明笑
的表情。
跳转目录 cd目录绝对地址或相对地址（如果调转到下层子目录，可以用相对地址）。
察看文件内容 less。注意：less -N
命令可以显示文件的行号。另外，二进制文件是无法察看的（你能看到的也是乱码），二进制
是给机器看的嘛。
复制文件cp。
将文件传输到本地scp。注意：这个需要知道本地的ip地址（我没在Windows下测试过，只在linux下用过）。
很多时候，大家需要在服务器后台上运行程序，而不耽误前台的工作。使用的命令是screen 或者nohup 或者tmux(2018.07.25编辑，目前用tmux比较多，因为分屏方便)，别用什么奇葩的at!!!
其实很多时候，使用linux命令时要多用辅助选项-h
查看简单帮助，或者用man查看详细的帮助文档。
还有其他常用的vi, top, awk, grep, diff, ln等等，请自行在需要的时候google。
要记住，你想做的80%的文件处理工作，linux都有常用工具+简单的pipeline
可以帮你实现，不要在处理数据时show自己那点可怜的编程技术，耽误处理的速度。
最好的学习方法就是逼迫自己使用linux系统，等你每天都见不到Windows时，你会发现自己变成了一个自由软件的忠实使用者。
一个学习参考网站http://nixsrv.com/llthw
置换检验
昨天，在plob.org写完这篇permutation test 置换检验
。这是一篇拖了半年的文章。
今天，在这里想说一下Permutation test中的一些小细节。
-
permuation是对已有的样本进行重新排序，打乱之前对照组和实验组的差异。而Bootstrap是从样本中重复抽样。
-
permutation test不需要有样本分布为正态的条件（稍微有点废话，非参的方法就是用来处理不是正态的问题的）。But resampling in a way that moves observations between the two groups requires that the two populations are identical when the null hypothesis is true—not only are their means the same, but also thire spreads and shapes. 其实还是得需要是同分布的。
-
可以使用置换检验的情况： 3.1 Two -sample problems：当零假设说的是
两个同分布的总体
时。 3.2 matched pairs desings：当零假设说的是样本在每对之间只有随即的差异
时。 3.3 Relationships between two quantitative variables：当零假设说的变量是不相关的
时。 -
如果你要找个置信区间，我们不需要知道零假设是否成立，那么还是用Bootstrap吧。
2015.04.04 update
我在自己的博客里备份了
permutation test 置换检验这篇文章
在github建立的新博客
从7月31日到现在，已经3个月没发过博客了，这三个月过得很快，进组后主要忙在工作上，也没有抽时间补写一些当时想写的内容。
停顿三个月的唯一好处是，有时间把博客从wordpress
迁移到Jekyll（Github）
，告别了频繁的数据备份和wordpress升级。写博客从用RTF编辑器回归到直接用txt文档的模式，采用markdown语法，简单通用。
当然搬家不是一蹴而就的，这期间反复观察了n位前辈的Jekyll博客，对照自己之前的Wordpress博客把外观套了下来，没有系统学习，有点东拼西凑，有些功能例如“搜索”就没能保留下来（说白了就是我不会用JavaScript或Ruby写搜索）。大体框架还是没有变，这对我来说已经是挺好的一件事情了。
现在唯一遗憾的事情是，改域名DNS绑定之前，没有把wordpress的页面截图保存一份，以纪念我在Wordpress写博客的这一年多的时间。
之后呢，应该会补充几篇在这个时间点（10月30日）之前的文章，目前都处于草稿(在_posts文件夹中可见)或腹稿状态。
顺便记录一下，最近最喜欢的一句话：
Captains and Kings may rule the world, but it is the presence of those we love and the memory of those we have lost, but who continue to live in our hearts, which bring beauty to living and make all that we do worthwhile.
尽管还有队长或国王统治世界，但是那些现在身边的所爱的人，和对已经失去的但永存心中的人的回忆，带给世界美丽，并使我们做的一切都值得。（翻译是MOSQY提供的）
暑期旅行——伊春
又是一篇迟到的游记，不过这次旅行基本没有玩成，遇到了中国特色的领导光临，想去哪哪都封路，副总理的确是个大官，他去玩，就封山关园，他去参观，博物馆就封闭，仅仅三天时间，都和他撞车，此行实在是不爽。
不过还是可以总结一下旅行指南，在旅行前，我们做的工作还是非常充分的。
个人准备
必带物品
1.证件类：身份证，月票卡，借记卡
2.用品类：现金，钥匙，手表，眼镜，剪刀，小刀，卫生用品，水壶，雨伞，记事本，笔，毛巾
3.药品类：黄连素，感冒药，风油精，创可贴，藿香正气，消炎药，抗过敏类，肠胃类，驱蚊剂，防晒霜
4.衣裤类：长衣、长裤（注意防潮和耐脏）
5.数码类：手机，相机，存储卡，充电器，电池，手电筒，ＭＰ３
6.一次性用品：报纸，袋子，地址电话号清单，绳子
7.导航类：地图，指北针
8.饮食类：面包，榨菜，糖
火车票
1.08月07日21:09,北京—哈尔滨,Z1次列车,软卧,票价429.00元
2.08月08日20:15,五营—伊春,K7018次列车,硬座,票价7.00元
3.08月10日21:41,哈尔滨—北京,Z2次列车软卧,票价429.00元。
出发时间
2012年8月7日，晚8点在北京站（千万别弄错跑西站去了），公交车站集合。
旅游方案
第一套：伊春五营-嘉荫黑龙江、恐龙-伊春博物馆-哈尔滨
1.Day0-1：乘坐Z15或Z1火车，北京直达哈尔滨，21：00至第二天7：00到哈尔滨，乘坐汽车4小时到伊春12：00，之后去五营森林公园，从五营直接去嘉荫县住宿，预计晚上7点到。
2.Day2：早晨看日出游览黑龙江沿岸，去界碑合影，之后去恐龙国家地质公园。下午返回伊春市，在市内参观小兴安岭资源馆，在伊春住宿。
3.Day3-4：早上从伊春返回哈尔滨，再乘坐火车返回Z16或Z2（晚9点），第二天早7点到北京。
第二套：伊春博物馆-伊春五营-嘉荫黑龙江、恐龙-哈尔滨
1.Day0-1：乘坐Z15或Z1火车，北京到哈尔滨直达，21：00至第二天7：00到哈尔滨，乘坐汽车4小时到伊春12：00，在市内参观小兴安岭资源馆，在伊春住宿。
2.Day2：上午去五营森林公园，中午去嘉荫县住宿（2个小时）。在嘉荫县去恐龙国家地质公园，傍晚游览黑龙江沿岸，去界碑合影。去伊春的嘉荫县了解黑龙江在此段水域的生态情况，以及对伊春发展的支撑作用。
3.Day3-4：早上从嘉荫县返回哈尔滨，再乘坐火车返回Z16或Z2（晚9点），第二天早7点到北京。
最终方案
8月7日 晚上北京出发
8月8日 早7:10到哈尔滨
中午12:00到伊春
12：50坐上伊春到五营的车
预计15:00前到五营
晚上20:15火车K7018
21:46到伊春 入住如家
8月9日 早7:10坐伊春至嘉荫长途车
下午返回伊春（时间见机行事）
晚上若还有时间可以市里逛逛
入住如家
8月10日上午伊春市内观光
中午返回哈尔滨
晚饭哈尔滨吃 逛中央大街
晚9:41火车
8月11日早7:30北京西
注意事项
1.在带好必备用品的基础上，尽量轻装上阵。
2.所乘坐长途车次尽量记住车牌号，以免有物品遗失时方便找回。
3.注意计算路上时间。
#旅行的实际情况
要计算好时间，因为只有不到4天的时间，还多数都在车上度过的，从伊春去嘉荫的客车每天只有一趟，上午9点开，中午到嘉荫，下午2点返回，所以时间还是比较紧的，最好是在嘉荫住宿，这样可以多玩一下，边境小城嘉荫的风景还是非常美丽的，小镇上非常干净，可以在黑龙江边乘船，远眺对岸的俄罗斯。
我们看了界碑，没有人站岗，只是一个孤零零的石碑矗立在那里。不过黑龙江上是有巡察船来回穿梭的，对岸的俄罗斯非常安静，感觉是个无人区。
杨大仙给我的报告做的最终修改版还是很给力的(写得根红苗正又红又专)，顺利通过了所里的考核。
