已经开始接触实战了，用过的软件如下：

1.拼接 Bowtie、TopHat、BWA、Maq

2.call peaks MACS

3.格式转换 bedtools

4.找SNP samtools

仅作存档使用，预知具体用法请看今后分解。

忙了一周，本打算把论文重现做到call SNPs这步，结果却是只完成到了序列的拼接，英语就看了1次单词，2篇短文，专业课的书籍完全还没开始动，这么悲催的进度实在不堪入目。每周写点博客，结果发现这周写的主题涉及学校，得等老师给我分数之后再放出来，现在老师们搜索的水平都很高，不想被人肉。

目前在博客的首页增加了新的一页，叫做记事，主要是记录一下自己每天突出理解或完成的工作。

今天还主动学习了一个新词花信年华。

就这样，一周琐事，仅此而记之。

2月20日开学。在最后一个寒假里休息了9天之后，就滚回实验室了。

假期？再也没有什么假期了

记得在小学时，我幻想着初中还是会有时间思考天马行空创意无限的点子——结果彻底被初中的应试教育给毁了，变成榆木疙瘩

记得在初中时，我幻想着高中会有时间搞自己的副业（画画、做flash）——结果就记住高三时经常不写数学作业，大学直接杀进数学系

记得在高中时，我幻想着大学会有时间搞自己初中计划、高中想做却没做成的副业（画画、编写游戏（基于flash））——结果在SNC倒是没少用PhotoShop作图画画，做游戏早就抛到脑后了

记得在大学时，我幻想着能在边学好数学的同时多学一些生物的相关课程——结果差点连微积分都没学会，悲剧二战

回顾过去，我发现的确很少有时间能把自己的一些想做的事情付诸实践，这还是在有货真价实的假期时，现在连假期都没有了，稍稍觉得有些悲剧。

新学习展望：没有最苦，只有更累，调动一切可用体细胞，做好工作发好paper！

microRNA能在植物-动物间转移，它们能使目标基因序列沉默，抑制特定蛋白质合成。
食物掌控基因——《环球科学》2012.01期

赶在2月开始前，把组里一月份订的《环球科学》杂志看了个遍，这本杂志介绍的内容偏向科学领域的新进展，就是《科学美国人》中文版。有些文章很有意思，但是也有的文章翻译得不太理想，读不明白。比较有趣的是中国的科学家研究了 microRNA在植物-动物间转移的问题，说明植物的microRNA可以直接转移到人的体内。设想有这样一个情景：如果转基因植物A中的某个microRNA转移到了动物B的体内，这个microRNA恰能正常工作，会导致动物B体内的某些转录产物降解，而这个转录产物与疾病的发生又密切相关。外源的microRNA会在动物B体内产生了一系列的连锁反应，就有可能导致疾病的发生。

想到这个问题，就不得不谈到转基因动植物，如果转基因的动植物中有同类非转基因动植物中没有的microRNA，那么就有可能出现上段叙述的情况，看来转基因还是需要谨慎行事，我之前在书评：《DNA：生命的秘密》中认为转基因是没有任何问题的，这个想法指考虑到了DNA的层面，而没有考虑到现在发现的一些非编码小RNA的问题。在谈转基因动植物的时候，光考虑转基因所带来的microRNA是不行的，在非转基因的作物中有多少microRNA会转移到食物链的上层动物体内，也是需要研究的一个问题。总之这给我的提示是：要全面思考转基因的利弊，现阶段我们能做的事情还远远不够完全确定转基因的好坏。

那么在经过烹制的饭菜中含有的非编码小RNA（具体例如microRNA）是否能够直接进入我们人体？这个问题我尚未有准确的答案，不过supervisor给出了几种可能性：首先，我们知道在RNAi的实验过程中就做过让线虫直接吃含有microRNA的东西，可使microRNA进入线虫的细胞内。其次，烹制饭菜的过程是个加热过程，microRNA没有什么二级结构，所及加热应该不会使其变性。最后，在RNAi中microRNA会被一些蛋白“绑定”，蛋白质被加热后变性，就在microRNA外形成了一个保护层，确保在进入其他活细胞的时候，microRNA还具有活性。

因为还没查找具体的文献，现在就先写到这里，未完待续……

这是一篇迟到了3个多月的游记。

南海子公园位于北京城南中轴延长线，地处北京主城区、亦庄新城和未来大兴新城中间的核心地带，它的建设范围是：东起凉水河，西至104国道，北接南五环 路，南抵黄亦路，总体面积11.65平方公里，其中公园占地面积7.86平方公里。现在建成的一期工程位于公园的东南部，占地面积159.64公顷。

在金秋十月，班里几个同学一起去大兴南海子公园游玩，这个公园仍处在建设状态，一期工程的面积已经非常大了。估计一天下来走马观花，勉强能看完整个园区。由于时间有限（我领错路了orz）我们只去了其中的一部分。

先说一下乘车路线，五号线导亦庄线到旧宫，在坐953到鹿苑路。记住在亦庄线下车往西走是953总站，车比较少20分钟一辆，千万别往东走，Google地图也有坑爹的时候。到了鹿苑路下车要往南走在向东走，起码得有2km的距离，就到南面的小门了（就是露营进出门）。为啥这么远？因为南海子公园还在建设，一些侧门关闭了。16路汽车会到南海子公园南门前面的一条街，所以比较方便，我们回去时坐的就是它（有一站是地铁站）。

南海子公园风景优美，可以露营，以前是清朝皇家狩猎的地方，有麋鹿（四不像）苑，曾经是麋鹿的家乡（当然麋鹿在中国是地理灭绝了，从英国引进回来的）。

废话少说，上一些图。

麋鹿

鹿群

湖边景色

花

南海子公园有音乐喷泉上午10点一次，下午2点一次。不过我们去时没有赶上完整的，只是在湖上的桥上随便看了一下。整个公园花卉品种非常多，有专门的花卉展区（应该是在喷泉那一侧，这次没有去）。bucter有一拨人早我们一天去，据说他们主要是占领了一块地方，搭帐篷做游戏，风景都没看。感觉园区里搭帐篷露营（不能生火）的人非常多，有些便利的地段都是帐篷。

比较有意思的还是看麋鹿（这可是第一次亲眼看见真的四不像!），看台距离麋鹿很遥远，麋鹿在树荫下悠闲的午休，旁边不时有几只黑天鹅经过，麋鹿栖息地的桥上刻着不同时期古人对麋鹿的描述，非常有意思。

最后合影一张