Tang Fuchou 老师实验室做胚胎发育分析以及单细胞RNA-seq非常有经验，最近（7月23日）他们发表了一个新单细胞转录组测序方法———— single-cell universal poly(A)-independent RNA sequencing (SUPeR-seq)，主要特点是在cDNA合成时用有固定anchor序列的随机primer代替传统的oligo(dT) primer。

对于实验部分我理解的不多，主要看信息分析部分有什么关于线性、环状RNA的新结果。

在小鼠胚胎细胞不同发育阶段的研究中：

  • 该研究中大多数circRNA含有多个外显子，少数（9%）circRNA只含有一个外显子。
  • 只有0.9%的circRNA有多于20个潜在的miRNA绑定位点，在功能上绝大多数可能没有起到miRNA海绵的作用。
  • circRNA在卵母细胞阶段就已经可以检测到，到受精卵四个-八个细胞阶段开始下降，囊胚细胞阶段降得很低(为啥？)。
  • 出现circRNA多的基因的线性转录本表达量也高。
  • circRNA两侧的intron要比不环化的RNA intron长。
  • 一个基因可以产生多个circRNA，另外这些circRNA倾向于使用同一个5’端的exon，而3’端的exon差异大。
  • 对于使用同一个5’端exon的circRNAs，在下游有长intron的circRNA的数量相对同个基因产生的其他circRNA来说显著的多。反之，使用同一个3’端的exon，上游有长intron的circRNA更富集。
  • repeat元件在circRNA两侧的intron中不明显富集，但由于circRNA两侧的intron长度相对较长，所以repeat序列的总数要比其他的intron多。（从这点来看repeat序列其作用不在于排列的密度，在于绝对数量）
  • 有互补序列的circRNA数量更加富集。
  • 相对距离5kb左右的互补序列才有作用。
  • 有强splicing motif时不容易形成circRNA。
  • circRNA的上下游motif对circRNA的表达起到相反的作用，上游motif强，表达的circRNA多，下游motif弱，表达的circRNA多。

另外，我认为下面这句话看着不太地道。

Gene ontology(GO) analysis of all the 1316 host genes producing these circRNA transcripts showed strong enrichment for terms related to chromatin organization, cell division, and response to DNA damage stimulus, suggesting potential roles of these circRNAs in these functional areas.