通过单细胞技术检测到结肠癌中的双克隆起源以及发现一个新致癌基因
这个文章是华大做的,华大从12年开始连续发了好几篇关于肿瘤单细胞相关的文章,他们用的测序方法是MDA, 几篇文章都主要围绕测序方法的准确性、寻找肿瘤中的driver(驱动)基因、以及重要突变、单克隆多克隆这几个问题展开讨论。
在这篇文章中,他们主要发现了结肠癌的双克隆起源,以及一个新的致癌基因(就是标题)。 文中发现肿瘤主克隆中在致癌基因APC,TP53基因上有突变,而在另一个克隆上有CDC27和PABPC1的突变。 他们还发现SLC12A5在单细胞中有高突变率(frequency of mutation)而在群体中的普遍程度却比较低,在实验验证后发现这个基因是一个潜在的致癌基因。
从这篇文章中学习一下文章的结构。
第一部分:说明测序方法的可行性(准确性)
- 检测乘数,覆盖度
- 检测假阳性,假阴性
- 检测组织样本和单细胞样本的突变频率相关性
第二部分:肿瘤细胞可分为两个群体
- PCA 分析区分group
- 基于UPGMA的phylogenetic tree分析
- 随机模拟单克隆到5个克隆的情况,发现实际的频率分布同双克隆相似
第三部分:从两个分组中发现了不同的驱动事件
- 引入21个结肠癌病人数据,发现有overlap的驱动基因可以将单细胞分成三组(正常,克隆1,克隆2)。
- 主克隆里有APC,TP53,副克隆里有CDC27和PABPC1。
第四部分:细胞起源异质性分析
- 用21个样本检测是不是多克隆是个普遍的现象。
第五部分:检测癌症驱动基因
- 检测非同义突变、同义突变、错义突变、无义突变在一些重要癌症基因的出现频率。
- 找出enrichment的基因,这些基因是驱动基因。
第六部分:对于新致癌基因的功能验证
- 做了PCR看这个基因是不是在肠癌细胞系中表达水平高。
材料与方法部分有很多信息
- 找somatic mutation的原则。
- 如何检测allele dropout。
- 在研究异质性问题是,
所用的SNV要排除那些在CNV异常区域的。
单词本
英文 | 中文 | 英文 | 中文 |
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aberrant crypt foci | 隐窝异常病灶 | polyps | 息肉 |
sporadic | 零星 | etiology | 病因学,病源论 |
pathogenesis | 发病机理 | hybridization | 杂交 |
inertia | 惯性迟钝 | specimen | 样品 |
depict | 描述 | truncation | 截断 |
abrogate | 取消,去掉 | elucidate | 阐明 |
ectopic | 异常 | colonocyte | 结肠 |
chloridepotassium symporter | 氯化钾转运体 |