可视信息将是博客里的一个新的分类目录，也是唯一一个我想要做一点介绍的分类。目前数据可视化和信息图是非常热门的内容，比较著名的国内博客和相关网站有视物致知和dataV。去年参加的活动中了解了很多关于数据可视化的内容，再加上之前自己也做过一些极为不成熟的信息图 -_-，所以想开个专栏介绍一下数据可视化的方法、信息图绘制创意，就我个人感兴趣的方面进行数据可视化图、信息图的创作。我本来想给这个分类目录取个霸气一点的名字：例如图说天下、图览全局之类的，但总感觉有这样的名字有浓重的营销微博风格，遂放弃之。

数据可视化的图形有很多种：地图、时间轴、气泡图、热力图、标签云、散点图、流程图、雷达图等 在实现技术上有：JavaScript、Flash、HTML5 Canvas、Processing、SVG、Google MAp API、R（以及其他计算软件绘图包）等

想要有更加直观的认识可以去dataV的可视化案例里看看，但是它列出来的一些图形的名称，不一定标准，例如“成交走势（CatTrends）”标注的是堆栈图，更确切的说应该是Stream Graph（挤压变形的堆积面积图）。

关于R的做图，可以读谢益辉的现代统计图形，不过这书从2010年就开始有消息，结果到现在还没有出版，2年了不知又有多少新的R软件图形包出世，这得再往书中增添多少内容啊。麻烦赶紧出版吧 ;)

已经开始接触实战了，用过的软件如下：

1.拼接 Bowtie、TopHat、BWA、Maq

2.call peaks MACS

3.格式转换 bedtools

4.找SNP samtools

仅作存档使用，预知具体用法请看今后分解。

忙了一周，本打算把论文重现做到call SNPs这步，结果却是只完成到了序列的拼接，英语就看了1次单词，2篇短文，专业课的书籍完全还没开始动，这么悲催的进度实在不堪入目。每周写点博客，结果发现这周写的主题涉及学校，得等老师给我分数之后再放出来，现在老师们搜索的水平都很高，不想被人肉。

目前在博客的首页增加了新的一页，叫做记事，主要是记录一下自己每天突出理解或完成的工作。

今天还主动学习了一个新词花信年华。

就这样，一周琐事，仅此而记之。

2月20日开学。在最后一个寒假里休息了9天之后，就滚回实验室了。

假期？再也没有什么假期了

记得在小学时，我幻想着初中还是会有时间思考天马行空创意无限的点子——结果彻底被初中的应试教育给毁了，变成榆木疙瘩

记得在初中时，我幻想着高中会有时间搞自己的副业（画画、做flash）——结果就记住高三时经常不写数学作业，大学直接杀进数学系

记得在高中时，我幻想着大学会有时间搞自己初中计划、高中想做却没做成的副业（画画、编写游戏（基于flash））——结果在SNC倒是没少用PhotoShop作图画画，做游戏早就抛到脑后了

记得在大学时，我幻想着能在边学好数学的同时多学一些生物的相关课程——结果差点连微积分都没学会，悲剧二战

回顾过去，我发现的确很少有时间能把自己的一些想做的事情付诸实践，这还是在有货真价实的假期时，现在连假期都没有了，稍稍觉得有些悲剧。

新学习展望：没有最苦，只有更累，调动一切可用体细胞，做好工作发好paper！

microRNA能在植物-动物间转移，它们能使目标基因序列沉默，抑制特定蛋白质合成。
食物掌控基因——《环球科学》2012.01期

赶在2月开始前，把组里一月份订的《环球科学》杂志看了个遍，这本杂志介绍的内容偏向科学领域的新进展，就是《科学美国人》中文版。有些文章很有意思，但是也有的文章翻译得不太理想，读不明白。比较有趣的是中国的科学家研究了 microRNA在植物-动物间转移的问题，说明植物的microRNA可以直接转移到人的体内。设想有这样一个情景：如果转基因植物A中的某个microRNA转移到了动物B的体内，这个microRNA恰能正常工作，会导致动物B体内的某些转录产物降解，而这个转录产物与疾病的发生又密切相关。外源的microRNA会在动物B体内产生了一系列的连锁反应，就有可能导致疾病的发生。

想到这个问题，就不得不谈到转基因动植物，如果转基因的动植物中有同类非转基因动植物中没有的microRNA，那么就有可能出现上段叙述的情况，看来转基因还是需要谨慎行事，我之前在书评：《DNA：生命的秘密》中认为转基因是没有任何问题的，这个想法指考虑到了DNA的层面，而没有考虑到现在发现的一些非编码小RNA的问题。在谈转基因动植物的时候，光考虑转基因所带来的microRNA是不行的，在非转基因的作物中有多少microRNA会转移到食物链的上层动物体内，也是需要研究的一个问题。总之这给我的提示是：要全面思考转基因的利弊，现阶段我们能做的事情还远远不够完全确定转基因的好坏。

那么在经过烹制的饭菜中含有的非编码小RNA（具体例如microRNA）是否能够直接进入我们人体？这个问题我尚未有准确的答案，不过supervisor给出了几种可能性：首先，我们知道在RNAi的实验过程中就做过让线虫直接吃含有microRNA的东西，可使microRNA进入线虫的细胞内。其次，烹制饭菜的过程是个加热过程，microRNA没有什么二级结构，所及加热应该不会使其变性。最后，在RNAi中microRNA会被一些蛋白“绑定”，蛋白质被加热后变性，就在microRNA外形成了一个保护层，确保在进入其他活细胞的时候，microRNA还具有活性。

因为还没查找具体的文献，现在就先写到这里，未完待续……