这个文章是我第一次组会报告的内容，主要讲怎么分析果蝇的突变，以及pipeline设计。

果蝇这个生物的特点是每代突变都很多，如果直接套果蝇的参考基因组去找你特定实验诱发（非定向）的突变，可能会找错了。

所以最好的方法是在家系内部找参考基因组，然后做比对，找突变。

这个文章里用的工具比较老，MAQ这个包应该现在都没什么人用了。看此文章主要是要理解方法的过成，用更新的工具套用流程。

找突变前要先用RepeatMasker将重复区域覆盖掉。

对于作为参考基因组的家系内部样本，首先要拼接好，转成一致序列(consensus sequence)。

整个流程如下：

1. 过滤低质量的reads
2. mapping
3. 生成一致序列
4. 除去repeat
5. call SNP

这是在第七个Leap year的2月29日（暴露了-_-|||），记录下的逗比事件。

起因：我写了个程序自动重命名下载的图片，改着改着，程序出了bug，把所有图片从图片文件夹/media/disk/picure都移动到了当前脚本的工作目录/root/bin。 我以为原图片文件夹还有这些图片，就把当前工作目录下的都删除了。 -_-b

经过：从昨天晚上到今天，抽时间找了不同的软件和方法来恢复数据。

1.在linux下采用 testdisk 中的photorec 来恢复图片文件。

如果用终端版的不适应，可以安装GUI dnf install qphotorec。 具体步骤可以参考这里。

在使用时请选择只查找没有文件的区域（Free: from the unallocated space only），否则会花费很长时间，给你找出一堆chrome隐藏的网络图片。

我一共测试了在三种地址查找，1. 在/root/硬盘里搜索全部图片（70G空间），2. 在/root/硬盘里搜索没有文件的区域（小于70G空间），3. 在/media/disk/里搜索没有文件的区域（500G空间）。

在三种找法中，第一种最满。所以千万不要搜索全部空间。

找出的图片有几个问题：首先不会按照原来的名字来命名，其次图片文件信息也会丢失，最重要的是所有文件按照在磁盘的位置（就是从0到最大容量的数字）来存放，查找起想要的文件非常不方便。

2.百度经验里的debugfs修复

该文档应该有错。在dd if= of= 这个步骤。出来的结果是无法识别的。

绝对不建议使用，除非很熟悉dd 命令。

3.EasyRecovery

只测试了恢复/meida/disk 里的文件。绝赞好评！

软件下载时请不要从中文网站下载，搜索时发现有两个EasyRecovery网址，这里面肯定有李鬼。

直接从英文网站下载，最好找个带keygen的。免费版我使用不成功。

用这个软件复原的图片包含原名字，在原文件夹的位置结构，含有图片信息!!!

结果：以后不要用rm命令了，用trash-put来代替，在.bashrc里alias rm='trash-put'

Trash-put 对于移动硬盘和windows系统下的盘里的删除数据，无法恢复到原有位置，只会在移动硬盘或者windows系统硬盘的根目录建立.Trash文件夹，所恢复的文件会在该文件夹的路径下，这一点还是不太好用。20160427

看完了怪物之子，没什么剧情，画面中的电脑粒子渲染还不错。

感觉细田守的动画越做越差，我看过的有：我们的战争游戏，穿越时空的少女，夏日大作战，狼的孩子雨和雪，以及最新的这部。 前两个算经典，第三个算内容有趣音乐也很棒，第四个可以说是故事中人物的冲突和人物结局有意思，然而最后这个讲得乱七八遭。 我就记住了逗比的宗师是个吃胡萝卜的兔子，后面的鲸鱼会让人想起夏日大作战里的两个鲸鱼管理员。 怪物老师+人类+猪鼻子和尚+猴子的组合让人想到西游记，战斗的输赢纯粹是主角（jue2）光环所决定的，所有打斗中两方的势力完全不清楚。 看不出女主到底是在剧情里起到了什么作用。

看了湾区日报推送的做什么样的 app 能赚钱的。 记录一下里面提到的一些小调研方法。

理想的商机包含以下三个方面：

1. 有利可图
2. 可以通过App Store中搜索找到
3. 具有蹩脚的竞争对手

什么样子的app是“有利可图”的？

计算两款相同类别下载量排名第25位的app的月均收入，并查找其总量排名。

这样可以计算出某个类别的app大致收入趋势。

用户会找到你的app吗？

作者提供了一个很好的思路，查找app的关键词，如果有某个关键词的app非常多，那么新产品通常会比较靠后，很难找到。

有竞争性的app的关键词最好只有100个已内的已知app产品正在使用。

备注：我觉得也不能太少，要真弄个冷门关键词，用户也不会想到去搜索。

竞争对手是不是很优秀呢？

进入某个领域，要知道这个领域里的app都有哪些问题，哪些地方可以改进。

如果你的竞争对手并不是特别努力，但他们仍能赚钱，这说明这个领域是可以进入的。

文中提到的有用的数据网站

• Distimo
• straply

感觉这样写下去，博客就变成论文记录了。为了避免这种情况，以后论文笔记都以归纳总结多篇文章为主，如果是非常好的文章，会单开一篇写一写。

1.Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during genome activation

这是一篇讲述斑马鱼MZT阶段组蛋白和RNA聚合脢II在基因组结合位置的文章。

文中说明RNA聚合脢II同组蛋白（H3K4me3，H3K27me3，H3K36me3）结合到相关的基因组位置是发生在合子基因组激活时期。 很多不活跃的基因到活跃的时，有组蛋白H3K4me3的Mark。序列特异性的转录因子会先指导组蛋白H3K4的甲基化，然后招募RNA聚合脢II。 最后总结三个方面：1.合子基因组激活同组蛋白H3的三甲基化有关，说明组蛋白修饰提供了MZT期的调控信息； 2.在ES cells中也存在bivalent domains;3.有些单价且有H3K4me3修饰的基因没有被激活。

2.Transcriptome Analysis of Zebrafish Embryogenesis Using Microarrays

这篇文章分析了斑马鱼的胚胎时期转录本数据(Microarrays)，包含的时间点有：母本时期，囊胚期，原肠胚期，分裂期，pharyngula （咽喉胚期）。

做了各种层次聚类，每个聚类里有特点的基因都介绍了。该文章的亮点是找到了在pre-MBT时期表达的一些基因（整体表达水平低，所以不好发现），这些基因可能对后面MBT时期转录本调控起到作用。

3.A complex ‘mRNA degradation code’ controls gene expression during animal development

在这篇综述中，作者详细介绍了mRNA降解在生物发育中控制基因表达。 首先说降解会控制基因表达动力学：如果降解太快，那么基因表达水平会很低，会影响转录进程；如果降解太慢，基因表达水平就会很高（机体会想这个细胞是不是不想玩了），细胞就会进入机体删除阶段。 mRNA降解受控于RBPs（RNA结合蛋白），small RNAs，miRNA-RBP，cis-regulatory（顺式作用元件）。 RNA降解在动物发育中的作用有两点：1.控制发育过程；2.细胞特异性。

4.Prepatterning of Developmental Gene Expression by Modified Histones before Zygotic Genome Activation

这篇文章发在Developmental Cell上，很有意思，试验设计合理。

主要是讲斑马鱼发育阶段Zygotic Genome Activation（ZGA）时期的组蛋白信号对于转录的影响。 共检测了H3K4me3, H3K9me3, H3K27me3, H3K36me3, RNA PolII的marker在不同时期基因组上的分布情况。 研究发现H3K4me3富集在1000个pre-MBT时期的基因上，至少9000个MBT和post-MBT时期的基因上。 在这个部分，研究的母系表达的基因，也就是这些基因在pre-MBT期基本不表达，而在MBT期开始表达上调。

研究结果揭示了在不同时期这些组蛋白甲基化富集在基因组上的情况各有特点。尤其是在256个细胞阶段检测到的H3K4me3, H3K9me3和H3K27me3说明在这个时期转录抑制已经存在。

之后又发现H3K4me3 marker在256个细胞时期，存在于一些转录不活跃的基因区域上。 本来想说明这些基因不活跃，还找出了H3K36me3和RNA PolII的marker做对照，结果发现H3K36me3的确没什么信号， 但是RNA PolII存在于基因的启动子区域（不在gene body，也是转录不活跃的表现）。

我个人觉得最有意思的就是下面的这张图。作者们做了一个epigenetic fate map of the pre-MBT H3K4me3-marked gene, 从这个图可以看到不同的基因在不同的阶段又不同的表观遗传学marker。

后续，文章有讲述了Pre-MBT时期H3K4me3 mark对合子转录的积极作用，以及在精子和卵细胞中有这个maker的交集的基因有哪些。

5.Transcript clearance during the maternal-to-zygotic transition

这篇review有意思的地方是在后面的引用文献中作者点评了一些他们感兴趣的文章，这也方便了读者的阅读。

综述的主要内容是讲mRNA在MTZ过程中的降解以及它的机制。RNA结合蛋白，小RNA家族均有参与，后面还说了降解的mRNA有哪些作用。

单词本