一开始学生物信息分析的时候，知道BED格式中染色体坐标系是从0开始的。用久了各种工具，突然有一天发现SAM和BAM格式的染色体坐标系起始位置是不一样的。猛然间发现生物信息学的分析工具中各种坐标不统一。 读了一些英文资料，觉得有必要在博客里记录一下各种坐标系的位置关系。

以0为起点

sequence A C G T A  
0-based 0 1 2 3 4 5

以1为起点

sequence A C G T A  
1-based 1 2 3 4 5 6

除了其实为点的坐标位置不同，终止位置的坐标是否包括最后一个位置，在不同的格式和工具里也是不一样的。

例如上面序列中的GTA的坐标位置：

以0为起始位点，包含最后一个位置: 2-4

以1为起始位点，包含最后一个位置: 3-5

以1为起始位点，不包含最后一个位置: 3-6

下面记录一些工具的染色体坐标系定义位置：

  1. 以0为起始位点：SAM, VCF, GFF 和 Wiggle 格式
  2. 以1为起始位点：BAM, BCFv2 和 PSL 格式
  3. Ensembl：以1为起始位点，包含最后一个位置。https://asia.ensembl.org/info/docs/api/core/core_tutorial.html
  4. UCSC Genome Browser：内部表示，以0为起始位点，并用以1为起始位点时的终止位点（程序员为了编程方便煞费苦心）。外部显示，以1为起始位点。http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQtracks.html#tracks1
  5. BED 格式：以0为起始位点，不包含最后一个位置。BED格式经常使用，在分析中别弄错起始位置和终点位置非常重要 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
  6. MAF 格式：以1为起始位点，包含最后一个位置。

参考文献

  1. Chromosome coordinate systems: 0-based, 1-based