本周末最火的话题是啥？

PLOS ONE 上刊登了一篇由华中科技大学（武汉）和伍斯特理工学院（美国）的研究者发表的一篇关于手部协调的生物力学特征研究的论文。 其中有几句话把手部精巧的生物学结构和生物力学运动归为造物主的设计。

PLOS ONE也算是个主流(?)学术期刊，不是什么国内野鸡学术期刊，虽然一直都很low，只要花钱就的发表，影响因子4左右。 也有少数比较不错的文章，不过目前为了发表的灌水越来越多，鱼目混杂。 这不，编辑自己作死，估计连摘要都没看完，把“造物主”相关词语写在摘要里的文章，就给评审通过。 文章编辑如果再这么放松下去，我看这PLOS ONE是药丸。

对于这个事件，国外很多媒体都有评论文章。 我看了Andrew Gelman写在他们博客的这篇。

Andrew说虽然有个作者说在修改撤回该稿件，他们本意不是创造者论（我自己内心估计，作者应该是想说他们把自然的创造给写成造物主blablabla的，这样来解释自己文章中的谬论，修改后估计还能继续发表。）

但是Andrew不信这些，他看到文章的所属领域包含: Built structures。套用辛老师之前说过的一句话这不是坑爹吗。

PLOS ONE是可以确定评审论文的编辑，Andrew发现专家是一个叫Renzhi Han的Associate Professor。

至此所有作者和评审的名字我都能不费力气的读出来，对，都是现代汉语拼音。再一次（为什么这么说？），我们的科研工作者在世界同行的面前闹了个大笑话。

Andrew还调侃说这个Han的主页做得不错，然而我去google的时候，Han已经把整个网站关掉了（good job）。 关于这一部分，Andrew想说Han犯了没有认真审稿的错误，但是说得一点都不好，读起来像是故意奚落对方。

Andrew说自己不是批评这类文章不能出现在学术刊物上，而是这类文章的论据支撑不了观点。

Actually, I do think a creationist paper could be published in a mainstream science journal such as Plos-One. It’s just that they’d actually have to make an argument for their point.

之后他又举例统计学杂志上曾经刊登过关于“圣经密码”的研究来说明此类问题在他所涉及的学术领域是怎么出现的。

总而言之，就是说明一个蹩脚的实验设计和糟糕的统计结果可以带你到达终点。也就是你想科学的证明一个不正确的观点，就用一大堆错误的统计理论来支撑，这样没准可以发表。

但终究逃不过认真的人的眼睛。

最后，Andrew的这篇博客低下评论很多，他说收到了很多“爱国人士”的评论，说该文章的错误是个词语错误，作者不是创造论者。由于收到了太多此类评论，他还专门发了一个声明。

P.S. We seem to have been getting a lot of spam from patriotic people using fake names. You guys should take it up with the editor of the paper who described it as a mistake, and the editors of Plos-One who retracted it, stating, “This evaluation confirmed concerns with the scientific rationale, presentation and language, which were not adequately addressed during peer review. Consequently, the PLOS ONE editors consider that the work cannot be relied upon and retract this publication.” Their call, not mine.

看了评论我就呵呵了，像评论中说英语是第二语言，写作出错难免，认为批评这类错误是一种西方式傲慢的人，那你不会把英语学溜一些，找人好好修改修改，PLOS ONE的编辑不能再认真一些，好好挑挑语病？ 明明是PLOS ONE编辑的错，非要代表Chinese给自己背上。

本文章曾经在组会报告过，文章介绍了MBNL蛋白在胚胎干细胞特异性的可变剪接和重编程过程中的作用。 文章说当时（2013）研究可变剪接对干细胞的调控和分化的影响才刚刚起步。

主要作用方式： MBNL（控制）=> FOXP1的可变剪接（控制）=>多能性FOXP1=>包括可变exon=>改变它bind的特异DNA序列=>刺激OCT4和NANOG的表达并一直分化相关的基因表达=>关于这个的反式作用因子和其他可变剪接事件却不清楚。

由于主要是实验方面的文章，由于自己实验方面懂得少，也看不出文章有什么问题。就当学习了实验设计。文章特点就是在干细胞里研究剪接现象。

单词本

这个文章是我第一次组会报告的内容，主要讲怎么分析果蝇的突变，以及pipeline设计。

果蝇这个生物的特点是每代突变都很多，如果直接套果蝇的参考基因组去找你特定实验诱发（非定向）的突变，可能会找错了。

所以最好的方法是在家系内部找参考基因组，然后做比对，找突变。

这个文章里用的工具比较老，MAQ这个包应该现在都没什么人用了。看此文章主要是要理解方法的过成，用更新的工具套用流程。

找突变前要先用RepeatMasker将重复区域覆盖掉。

对于作为参考基因组的家系内部样本，首先要拼接好，转成一致序列(consensus sequence)。

整个流程如下：

1. 过滤低质量的reads
2. mapping
3. 生成一致序列
4. 除去repeat
5. call SNP

这是在第七个Leap year的2月29日（暴露了-_-|||），记录下的逗比事件。

起因：我写了个程序自动重命名下载的图片，改着改着，程序出了bug，把所有图片从图片文件夹/media/disk/picure都移动到了当前脚本的工作目录/root/bin。 我以为原图片文件夹还有这些图片，就把当前工作目录下的都删除了。 -_-b

经过：从昨天晚上到今天，抽时间找了不同的软件和方法来恢复数据。

1.在linux下采用 testdisk 中的photorec 来恢复图片文件。

如果用终端版的不适应，可以安装GUI dnf install qphotorec。 具体步骤可以参考这里。

在使用时请选择只查找没有文件的区域（Free: from the unallocated space only），否则会花费很长时间，给你找出一堆chrome隐藏的网络图片。

我一共测试了在三种地址查找，1. 在/root/硬盘里搜索全部图片（70G空间），2. 在/root/硬盘里搜索没有文件的区域（小于70G空间），3. 在/media/disk/里搜索没有文件的区域（500G空间）。

在三种找法中，第一种最满。所以千万不要搜索全部空间。

找出的图片有几个问题：首先不会按照原来的名字来命名，其次图片文件信息也会丢失，最重要的是所有文件按照在磁盘的位置（就是从0到最大容量的数字）来存放，查找起想要的文件非常不方便。

2.百度经验里的debugfs修复

该文档应该有错。在dd if= of= 这个步骤。出来的结果是无法识别的。

绝对不建议使用，除非很熟悉dd 命令。

3.EasyRecovery

只测试了恢复/meida/disk 里的文件。绝赞好评！

软件下载时请不要从中文网站下载，搜索时发现有两个EasyRecovery网址，这里面肯定有李鬼。

直接从英文网站下载，最好找个带keygen的。免费版我使用不成功。

用这个软件复原的图片包含原名字，在原文件夹的位置结构，含有图片信息!!!

结果：以后不要用rm命令了，用trash-put来代替，在.bashrc里alias rm='trash-put'

Trash-put 对于移动硬盘和windows系统下的盘里的删除数据，无法恢复到原有位置，只会在移动硬盘或者windows系统硬盘的根目录建立.Trash文件夹，所恢复的文件会在该文件夹的路径下，这一点还是不太好用。20160427

看完了怪物之子，没什么剧情，画面中的电脑粒子渲染还不错。

感觉细田守的动画越做越差，我看过的有：我们的战争游戏，穿越时空的少女，夏日大作战，狼的孩子雨和雪，以及最新的这部。 前两个算经典，第三个算内容有趣音乐也很棒，第四个可以说是故事中人物的冲突和人物结局有意思，然而最后这个讲得乱七八遭。 我就记住了逗比的宗师是个吃胡萝卜的兔子，后面的鲸鱼会让人想起夏日大作战里的两个鲸鱼管理员。 怪物老师+人类+猪鼻子和尚+猴子的组合让人想到西游记，战斗的输赢纯粹是主角（jue2）光环所决定的，所有打斗中两方的势力完全不清楚。 看不出女主到底是在剧情里起到了什么作用。